崇明东滩鸟类自然保护区是以迁徙鸟类及其栖息地为主要保护对象的湿地类型自然保护区，南北濒临长江的入海口，向东缓缓伸向浩瀚的东海，并与南北大陆遥遥相对。在中国第三大岛崇明岛的最东端（东经121°50′－122°05′，北纬31°25′－31°38′），由崇明东滩团结沙外滩、东旺沙外滩、北八效外滩及其相临的吴淞标高零米线外侧3000米以内的河口水域四大部分组成，在海堤外呈半椭圆形分布。

保护区区域面积241.55平方公里，约占上海市湿地总面积的7.8%。其中核心区165.92平方公里、缓冲区10.7平方公里、试验区64.93平方公里。 保护区是由长江径流夹带的巨量泥沙在江海的相互作用下沉积而成，目前仍以每年80-110米的淤长速度向东海推进。崇明东滩鸟类自然保护区是长江口规模最大、发育最完善的河口型潮汐滩涂湿地，其南北狭，东西宽，区内潮沟密布，高、中、低潮滩分带十分明显，是亚太地区迁徙水鸟的重要通道，也是多种生物周年性溯河和降河洄游的必经通道。

崇明东滩四季分明，年均气温15.3℃，年降水量1022mm，无霜期达229天。目前，已记录到的鸟类有17目50科288种(2005)。其中国家一级保护的鸟类有东方白鹳、黑鹳、白头鹤3种、国家二级保护的鸟类有白枕鹤、黑脸琵鹭、小天鹅等34种；列入< 中国濒危动物红皮书>的鸟类20种；列入中日、中澳政府间候鸟及其栖息地保护协定的鸟类分别为156种和54种，每年在崇明东滩过境中转和越冬的水鸟总量逾百万只。

崇明东滩地处北亚热带的南缘，植被类型反映了该地理区域的实际情况。但是由于东滩是新淤涨形成的滩涂，从水中逐渐露出水面，又不断地抬高。因此，随着地形的增高，植被也在不断的演替之中。目前的植被类型正处于演替的初始阶段，植物的种类比较少，但随着时间的推移，保护区植物的种类会不断地增加。根据初步调查，目前在保护区可发现野生和人工栽培的高等植物122种，分属34个科，88属。其中菊科植物最多，有22种，禾本科植物14种，豆科植物10种。在水域中还有浮游植物59种，分属31属4门。

    崇明东滩还具有丰富的鱼类、两栖爬行类、无脊椎动物资源和以芦苇、藨草群落为主的高生产量的植物资源。特殊的地理位置和快速演化的生态系统特征使崇明东滩成为具有国际意义的重要生态敏感区。